Makrolar, genelde çok kullanışlı ve işlevsel olsa da, bilgisayarlara bulaşan virüslerin bir bölümü makro virüsleridir. Nedeni ise makro oluşturmak için kullanılan Visual Basic işlev/prosedür ve komutlarının virüs yazılımında kullanılabilir olması ve bunların kolaylıkla makro virüslerine çevrilebilmesidir. Dolayısıyla makrolar, bilgisayarlar için güvenlik riski oluşturmaktadır. Herhangi bir makro oluşturuluduğunda, bu dosyayı öncelikle makro içerebilen Excel çalışma kitabı olarak kaydedilmesi gerekir. Aksi halde Excel makro işlevlerini/prosedürlerini kullanılamaz hale getirebilir.
Excel içerisinde makro güvenliği için belirli düzey ayarlamalar mevcuttur. Bu ayarlamalar sayesinde çalışma kitabı ilk defa açılırken bilinen virüslere karşı taranır ve eğer dosya makro içeriyorsa, bu makroların çalışması engellenebilir. Çalışma kitabı ilk açılırken hangi şartlarda hangi makroların çalıştırılacağını denetlemek için makro güvenlik ayarları değiştirilebilir. Örneğin, makroların güvenilen bir geliştirici tarafından dijital olarak imzalanmış olup olmadıklarına göre çalıştırılmalarına izin verilebilir. Ayarları değiştirmek için ilk olarak; Geliştirici sekmesi, Kod grubunda, Makro Güvenliği öğesine tıklanır, ardından Makro Ayarları kategorisindeki Makro Ayarları'nın altında bulunan seçeneklerden istenileni seçilir. Yada Dosya menüsünden Seçenekler/Güven Merkezi/Güven Merkezi Ayarları/Makro ayarları bölümüne gelinerek ayarlama yapılır.
Bildirim olmadan tüm makroları devre dışı bırak: Makrolar ve makrolarla ilgili güvenlik uyarıları devre dışı bırakılır. Herhangibir uyarı alınmaz. 
Tüm makroları bildirerek devre dışı bırak: Makrolar devre dışı bırakılır ve makroların devre dışı bırakıldığına dair bir güvenlik uyarısı alınır. Eğer istenilirse mevcut makrolar gelen uyarıdaki "İçeriği Etkinleştir" düğmesine tıklanarak etkinleştirilebilir.
Dijital olarak imzalanmış makrolar dışında tüm makroları devre dışı bırak: Makronun güvenilir bir yayımcı tarafından dijital olarak imzalanmış olması durumunda, yayımcıya önceden güvendiyseniz makronun çalıştırılabilmesi dışında, bu ayar Bildirimde bulunarak tüm makroları devre dışı bırak seçeneği ile aynıdır. Eğer önceden yayımcıya güvenmediyse, durum kullanıcıya bildirilir ve tüm imzalanmamış makrolar, bildirilmeden devre dışı bırakılır.
Tüm makroları etkinleştir (önerilmez, tehlikeli olabilecek kod çalıştırabilir): Tüm makroların çalıştırılmasına izin vermek için bu seçenek aktif edilir. Bu ayarın kullanılması durumunda bilgisayarın kötü niyetli koda karşı savunmasız kalmasına neden olur ve önerilmez.
VBA proje nesne modeline erişime güven: Bir otomasyon istemcisinden Visual Basic for Applications (VBA) nesne modeline programlı olarak erişime izin verir veya böyle bir erişimi engeller. Bu güvenlik seçeneği, bir Office programını otomatik hale getirmek ve VBA ortamını ve nesne modelini kullanmak için yazılmış koda yöneliktir. Kullanıcıya ve uygulamaya özel bir ayardır ve varsayılan olarak erişimi engelleyerek yetkisiz programların zararlı, kendi kendini yenileyen kod oluşturmasını önler. Otomasyon istemcilerinin VBA nesne modeline erişebilmesi için kodu çalıştıran kullanıcının erişim izni vermesi gerekir. Erişimi açmak için onay kutusu işaretlenir.